解放軍第309醫院王芳等人，研究蛋白胨對臭氧水殺菌作用影響，論證了水中有機物對臭氧的消耗及降低了殺菌效果。

上海光輝臭氧開發研究所陳君勝在多年從事研究光電法產生臭氧的基礎上，制造了光子臭氧發生器，并進行了“光子臭氧”對真菌殺滅和水體脫色的試驗。

鎮江康爾、江蘇成城等企業，抓住我國制藥行業GMP認證的機遇，開發了中央空調“內置式”、“外置式”臭氧發生器，對制藥車間的空氣進行殺菌處理，推動了臭氧在我國制藥行業的應用。

2000年，上海華東理工大學魏興義、劉勇弟等，為解決江蘇某化工廠的廢水，進行了臭氧化預處理提高代森錳鋅廢水的可生化性研究。2001年，魏興義、魯軍、劉勇弟等，為上海某化工廠進行臭氧氧化法處理氰化亞銅廢水的研究。

2001年，中科院化工冶金研究所呂雪松、王兆霖、李洪鐘等人進行臭氧在超細碳黑表面改性中的應用研究，進行了在流化床中利用臭氧在不同條件下對碳黑進行了表面改性的實驗，經臭氧處理的氧化碳黑的性質在許多方面都優于非氧化碳黑。

2001年，青島億海良種魚培育中心、錦州達蓮水產養殖有限公司研究臭氧對水產養殖用海水的處理及循環利用，分別采用了500g/h和200g/h的空氣源臭氧發生器。2002年青島藍科生物技術公司與青島中通臭氧科技公司合作，也進行了類似的試驗研究。

2003年5月，山東泉林包裝有限公司從事臭氧預吹處理對奶制品包裝盒膜復合工藝效果的研究，經過半年多的小試和中試，于同年12月研制成功。2004年2月，富氧源1kg/h臭氧發生器在山東泉林包裝有限公司投入生產使用，可保證臭氧濃度不變的情況下任意調整流量。這是我國首例臭氧應用于膜復合工藝的工程，為我國臭氧應用開辟了一個新的領域。

2003年，解放軍總裝備部工程設計總院張志仁采用臭氧對火箭推進劑廢水凈化處理的研究，并取得了突破性成果。2004年，解放軍總裝備部工程設計總院張統博士與青島國林臭氧公司合作，應用臭氧處理含三硝基甲苯的炸藥廢水。

2003年五六月份，中國“非典”期間，北京工業大學病毒藥理室主任李澤琳教授，在“BSL-3實驗室”利用臭氧進行了滅活SARS病毒實驗，對綠猴腎細胞接種的SARS病毒綜合滅活率為99.22%，這是世界首例利用臭氧滅活SARS病毒的實驗取得成功。隨后，國家環保總局出臺了《SARS病毒污染的污水應急處理技術方案》，臭氧是其推薦的消毒劑之一。

四川西普油脂化工有限公司朱進、杜俊超等人，開發臭氧氧化工藝制取高純度乙醛酸，經過三年多的研究、小試、中試并取得成功，2004年8月開始采用臭氧氧化工藝工業化生產高純度乙醛酸，技術達到國際先進水平，選用青島國林臭氧公司的臭氧發生器。